โรงเรียนบ้านเขากำแพง จังหวัดสุพรรณบุรี แบ่งโครงสร้างการบริหารสถานศึกษา โดยมีคณะกรรมการสถานศึกษาและองค์กรสนับสนุนทำงานร่วมกับคณะกรรมการบริหารโรงเรียน ซึ่งแบ่งการบริหารออกเป็น 4 กลุ่มบริหาร ได้แก่ กลุ่มบริหารวิชาการ, กลุ่มบริหารบุคคล การเงิน, กลุ่มบริหารทั่วไป แต่ละกลุ่มบริหารมีการแบ่งภาระงานที่เกี่ยวข้องกระจายไปยังหน่วยงานระดับกลุ่มงานและงานต่างๆ ดังแสดงในแผนภาพโึครงสร้างการบริหารงานดังต่อไปนี้